Em 9 de março de 2006, o clube foi comprado pela companhia multinacional austríaca de bebidas energéticas Red Bull e mudou seu nome para New York Red Bulls. Foi vice-campeão da MLS Cup em 2008. Em 2009, o New York Red Bulls fez uma campanha muito ruim. Tanto, que venceu apenas 5 dos 30 jogos disputados. Terminou na última colocação geral e ficou a 9 pontos do penúltimo colocado, o San José Earthquakes. Ainda participou da Liga dos Campeões da CONCACAF 2009-10, mas não passou da fase preliminar.
